扶養控除等申告書で、当社以外にも就業先がある・他社がメインの就業先ですでに扶養控除申告書を提出済のため、
「１．提出しない（乙欄適用＊高い所得税率）」を選択すると、所得税率は高くなりますか。
はい。高い税率（乙欄）で所得税が計算されます。
また、年末調整の対象外となりますが、確定申告にて一年間の所得税は精算されます。